＜回答＞
土地売買にあたっては、境界を確定して実測のうえで契約するのが原則です。
そうしておかなければ、後日紛争の原因となることが往々にしてあるからです。
境界を確定した場合には、境界標を設置し、（コンクリート杭、石杭等堅固なものがよい）
隣接地の所有者（あるいは管理者）間で境界確認書を作成し、双方が所持しておくのが適切です。
貴殿が契約にあたり、「隣地との境界を示す鋲を入れること」を明記されたの
は賢明だと思います。
さて、隣地の所有者が境界を承認しない場合にどのようにするかですが、
境界問題は、隣人間の人間関係そのものです。
隣人同志お互い助け合って生活し、人間関係うまくいっている場合には、境界紛争など起きることはありません。
しかし、お互い疎遠になり、利己的になってくると、境界に限らず何かと隣人
が疎ましいものとなってきます。このような関係の隣人間での境界争いは非常に多いものです。
貴殿の場合の「売り元」と隣人間の関係もそうかもしれません。
このような場合、当事者同志ではなかなか解決の糸口をつかめないことが多いものです。
そこで古くは、地元の世話役（古老）等が仲介して解決する例があったのですが、
最近では少ないようです。
貴殿の立場としては、買い主ですから、選択枝は次のようなことが考えられるでしょう。
@の場合は、購入物件に未練がなければ、良い方法でしょう。
Aの場合は、売主が主張する境界線で隣人と合意できる可能性が低い場合は、
引渡し時期を明確にし、時期遅延による不利益を売主、買主どちらが負担する
のか、仲介者を交えて明確にする必要があります。
Bの場合には、リスクを貴殿が負うことになり、お薦めできません。
Cの場合は、隣人の主張する境界線を受け入れるのですから、解決の可能性は
高いと思いますが、はたして、その境界線で貴殿が買い受けた場合に、効用上
どのような支障が考えられるかです。
隣人が主張する境界線がどこまでかを十分に確認して住宅地としての効用に
大きな支障がなければ、妥協する道の一つでしょう。
その他にも、具体的な相手の出方に応じて妥協の方法は考えられると思います。
仲介者、売り主と相談し、専門家に依頼して交渉してもらった方がよいと思います。
「家を買うな隣人を買え」という諺があります。
不動産は環境が大事です。