＜回答＞
水利権といわれるものは、通常は「流水を一定の目的のために継続的、排他
的に使用する権利」とされていますが、この権利そのものを登記することは
一般には行われていません。
このような権利を登記するには、水源地について取水目的の「地役権」か何
かの土地利用権の登記をする。
又は、その水源地を分割して、所有権登記をするか、共有の所有権登記をす
る等の方法があります。
貴殿の場合、これらのいずれにあたるのかよく解りませんが、いずれにして
も、その水源地の地番が誤って（？）登記されているということだと思いま
す。
売買契約書に書いてあるその水源地の地番と登記されている地番が異なって
いれば、単なる登記上のミスだと思われます。
不動産業者に言って更正してもらいましょう。
売買契約書に書いてある水源地の地番と登記されている地番が同じ場合には、
契約書の誤りであるかどうかですが、
現在貴殿は第２水源地から水を引いて
利用されているということですから、第２水源地の地番が契約書に書かれる
べきであったのに、誤って第３水源地の地番が書かれた可能性が強いと思わ
れます。この場合にも、不動産業者に言って更正してもらいましょう。
このまま放置しておくと、当然ながら後から購入された方とのトラブルのも とになることも考えられますし、貴殿が第三者へ売却される等の場合に支障 となるでしょう。