＜回答＞
水路が不要となって、埋め立て、宅地等に利用されている例は非常にたくさ
んあります。
法務局（登記所）の公図には、（古い公図では）水色で塗ってある細長い線
（青線という）が水路であったりしますが、これらは国有地です。現在は、
その青線も新しい図面に書き換えられ、色のない場合が多くなっています。
しかし「地番」は入っていません。
これに対して、「地番」の入った水路もあります。
その地番の登記簿を見れば、所有者名が記載されているはずです。その所有
者が国、内務省、建設省とかになっていれば国有地ですが、○○土地改良区
とか、個人名になっている場合もあります。
個人名になっていても、実質は、その地元の水利組合等の自治組織の所有で
ある場合も多いのです。
これらの水路が必要なものなのか、不要なものなのかをその隣接地の人達等
に確認してみる必要があります。仮に不要な場合でも、勝手に使用している
と不法占拠になります。
不要な場合は関係者の同意を得て買い取ることができると思います。その手
続きは国有地かそうでないかによって異なってきます。
国有地の場合は、おおよそ以下の手順が必要です。
（１）都道府県の土木事務所又は、管理者である市町村へ国有地の境界確認
手続きを申請する。
（２）現地立会、測量をする。
（３）水路の公用廃止の申請手続をする。
この場合、利害関係者の同意を必要とする。
（４）建設省所管財産から大蔵省普通財産へ移管
（５）財務省へ「普通財産売払申請」をする。
（６）売払通知、価格決定
（７）売払証明書をつけて、土地の表示登記を申請する。
（８）所有権保存登記をする。
その間、６ヶ月程度、場合によってはそれ以上の期間が必要です。
なお、土地家屋調査士へ依頼されるのが賢明でしょう。
次に、土地改良区等の所有の場合は、それぞれの自治体で手続は異なります
が、おおよそ以下の手順となります。
（Ａ）登記簿に○○土地改良区と記載されている場合、（１）まず、その土
地改良区の事務所で廃止、売払いが可能か否かを確認する。国の資金
によって行われた事業で作られた水路である場合には、売払いを許可
しない場合が多いのです。
（２）廃止、売払いが可能である場合は、
国有地の場合に準じて
境界確認手続
↓
立会測量
↓
売払申請
↓
土地所有権移転登記手続
となります。
この場合にも、利害関係者の同意は必要ですし、境界確定測量等に専
門的知識が必要ですので、土地家屋調査士へ依頼するのが賢明でしょ
う。
（Ｂ）土地改良区等の所有であっても、登記簿では個人名となっている場合
もあります。これは、地元自治体の法人格がないために、その代表者
名に便宜上登記されていた場合があるからです。
このような場合、その代表者はすでに死亡し、法定の相続人が非常に
たくさんになっている場合が多いのです。
これらの法定相続人すべての承諾を得て、土地改良区等の自治組織に
所有権移転登記を行ったうえで、買い受けることになります。
場合によっては、すべての法定相続人の承諾が得られず、裁判となる
ケースもあります。
専門家に相談すべきでしょう。
（Ｃ）個人名義となっている場合のうち、すでに上記の手続がとられて登記
されている場合や、最初から個人所有地を水路として使用していたと
いう場合があります。
これらは、その個人へ交渉するしかないでしょう。
なお、水路であったところは、「水は昔通っていた道を通りたがる」そうで、 住宅地等にするには十分注意すべきと思います。